在确定实施医疗净化之后，医疗机构首先要做的便是招标，其次要和设计单位、中标公司合作设计方案，之后要进行必要的施工管理，最后还要验收，之后方可投入使用。下面逐一介绍医疗机构的主要工作内容。
工程招标
实施医疗净化，招标前一定要组织相关人员，对国内同等规模的工程进行广泛的调研与实地考察，标书中，对工程范围、技术要求、施工工艺、设备、基本配套设施、材料的规格、性能和数量等进行统一规定。与此同时，还要对投标公司资质、业绩、工程质量、售后服务等进行全面对比分析，以确定重点投标单位。最后选择资信好、业绩突出、设计方案科学合理、设备及材料配置优良、质量保证体系健全、售后服务承诺优惠、价格合理的投标公司中标。
布局设计
医院邀请专业建筑设计单位和工程中标公司，进行总体布局设计，以确医疗净化的洁净区、非洁净区、净化机组和医院气体中心站的确切区域位置，建立科学的物流路线。设计方案直接关系到后期的工程质量。
施工管理
医疗净化施工期间，医院不能做“撒手掌柜”，而应安排一个工地代表，全权代表医院。工地代表的主要作用有：核实进场材料;监督检查工程质量、进度;协调解决土建、水、电等配合与供应等问题;对不按标准施工、安装的工序，工地代表有权责令其限期改正。
工程验收
医疗净化工程应分三次验收：中间及隐蔽工程验收、装修及安装工程验收和净化质量标准验收。中间及隐蔽工程验收可以避免出现“偷工减料”的情况。《医院洁净手术部建筑技术规范》由中国医疗卫生建筑专业委员会发布，是净化质量标准验收的验收依据。
医疗净化不只是找一家净化公司那么简单，方方面面的事情医疗机构都要考虑的到，全程参与，既有利于保障工程质量，也有利于更深入的了解和熟悉医疗净化，为后期的使用、维修保养打下良好的基础。
